Tofu, natto, miso e muitos outros ingredientes importantes da culinária japonesas são feitos dos grãos da soja.
Tofu – também chamado de coalho de grãos de soja, é uma comida macia e mole, semelhante a um queijo, mas feita de coalho de leite quente de soja fresco, com um coagulante. Podem ser consumidos de diversas maneiras, como na sopa, fritos, cozidos, crus e geralmente são encontrados em blocos inteiros.
Yudofu – São pedaços de tofu, fervidos em uma leve e suave sopa, e mergulhados em um molho à base de soja.
Agedashi Tofu – Pedaços de tofu fritos em muito óleo, que são mergulhados em um molho à base de soja.
Misoshiru (Sopa de Miso) – Freqüentemente é servida como acompanhamento no café da manhã, almoço e jantar. É feita dissolvendo a pasta de miso em água quente e adicionando outros ingredientes, tais como wakame e pequenos pedaços de tofu.
Natto – é uma comida fermentada, feita de grãos de soja, sendo rica em proteína vegetal. Geralmente é comido com arroz e possui um sabor e consistência bem característico.